Um z.B. OwnCloud nicht unter http-Port 80 sondern wie hier unter Port 12380 anzubieten muss man die VirtualHost-Konfiguration von apache ändern.

Die Datei /etc/apache2/ports.conf editieren:

NameVirtualHost *.80

Listen 80
...
Listen 12380

...

Neue Datei: /etc/apache2/sites-available/owncloud

NameVirtualHost *:12380

<VirtualHost *:12380>
  DocumentRoot /usr/share/owncloud/
  <Directory />
    Options FollowSymLinks
    AllowOverride All
  </Directory>
  <Directory /usr/share/owncloud/>
    Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
    AllowOverride All
    Order allow,deny
    allow from all
  </Directory>

  Alias /owncloud /usr/share/owncloud/

  ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/owncloud-error.log

  LogLevel warn

  CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/owncloud-access.log combined

</VirtualHost>

Den owncloud-Ordner nun von /var/www/owncloud nach /usr/share/owncloud verschieben.
Die Datei /usr/share/owncloud/config/config.php editieren:

...
'datadirectory' => '/usr/share/owncloud/data',
...

Als root einen symlink anlegen und Apache neu starten:

# ln -s /etc/apache2/sites-available/owncloud /etc/apache2/sites-enabled/owncloud
# /etc/init.d/apache2 restart